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污水处理设备中的磷是合成**白、卵磷脂以及其他磷化合物的重要元素，在微生物的代谢和物质转化中起重要作用。辅酶I、辅酶II、磷酸腺苷等都含有磷。微生物主要从无机磷化合物中获取磷。磷源不足将影响酶的活性，从而使微生物的生理功能受到影响。一般三大营养物质（碳源、氮源、磷源）比例关系为BOD：N：P=100：5：1。
硫是合成细胞蛋白质不可缺少的元素，辅酶A也含有硫。钠在微生物细胞中调节细胞和污水之间渗透压所必需的。钾是多种酶的激化剂，具有促进蛋白质和糖的合成作用，还能控制细胞质的胶态和细胞质膜的渗透性。钙具有降低细胞质的透性，调节酸碱度以及中和其他阳离子所造成的危害镁在细胞质合成及糖的分解中起着活化作用，参与菌绿素的合成。铁是细胞色素氧化酶和过氧化氢结构的一部分，在氧的活化过程中，起着重要的催化作用。
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